Afin de garantir au consommateur final l'achat de produits « bio » répondent effectivement aux caractéristiques spécifiques de la législation européenne, chaque étape de la chaîne d'approvisionnement, de la production à la transformation des aliments, jusqu'à leur distribution et  commercialisation, doit être constamment contrôlé et certifié.

Les opérateurs du secteur,  pour utiliser le logo et l'étiquetage biologique européen, doivent être contrôlé donc, au moins une fois par an, par un tiers « organisme certificateur», indépendant et désintéressé, qui inspecte les différentes étapes de la production, la manutention et la transformation des produits, en vérifiant le respect des règles strictes et normes européennes.

Les organismes de contrôle tiers sont autorisés par le Ministère de l'Agriculture, de l'Alimentation et des Forêts, et doivent respecter:

• principe d’impartialité, ce qui empêche toute forme de conseils ou d'assistance technique pour le sujet soumis au contrôle;
• principe de l'indépendance. Pour éviter tout conflit d'intérêts, les autorités de contrôle sont des organismes autonomes et externes à l'entreprise.

Les autorités de contrôle exercent leurs inspections sur le territoire national grâce à des visites de surveillance, ordinaires ou extraordinaires, visant à:

• vérifier l'application correcte et continue de la méthode de production biologique dans les exploitations biologiques ainsi que le respect des exigences de « conversion» des entreprises pendant leur période de transition de l'agriculture non biologique à l'agriculture biologique;
• certifier les productions biologiques, réglementé par le Reg. 834/2007, en autorisant l’utilisation du marque de conformité (logo communautaire de garantie de la production biologique) à apposer sur les étiquettes des produits contrôlés et sur le matériel promotionnel de l'exploitation.

La procédure de contrôle arrive à son terme, en cas de résultat positif, avec l'émission d'un certificat qu'il peut être de trois typologies:

• certificat d'exploitation contrôlée;
• certificat du produit biologique (dont la validité est déterminée en fonction du type de produit emballé);
• autorisation d'imprimer des labels biologiques.